Die Forschung der Fakultät ist auf nationaler und internationaler Ebene vielfältig vernetzt. Eine besondere Rolle kommt dabei der Kooperation mit dem Helmholtz-Zentrum München zu, die durch klinische Kooperationsgruppen und gemeinsame Berufungen ein wichtiges Strukturelement darstellt

Klinische Kooperationsgruppen mit dem Helmholtz-Zentrum München:

• Zentrum für Allergie und Umwelt (ZAUM)
• Pädiatrische Tumorimmunologie (Kinderklinik)
• Immunmonitoring-Plattform (Partner HMGU, TUM (Mikrobiologie), LMU)
• Antigen-spezifische Immuntherapie (Mikrobiologie)
• Osteosarkome (Kinderklinik)
• Angeborene Immunität in der Tumorbiologie (Strahlentherapie)

Gemeinsame Berufungen mit dem Helmholtz-Zentrum München:

• Prof. M. Göttlicher, Toxikologie und Umwelthygiene
• Prof. H. Höfler, Pathologie
• Prof. Th. Meitinger, Humangenetik
• Prof. V. Ntziachristos, Biologische und Medizinische Bildgebung
• Prof. U. Protzer, Virologie

Zwischen dem Helmholtz-Zentrum München und der Fakultät für Medizin der TUM bestehen darüber hinaus vielfältige und enge Kontakte in Verbundprojekten, wie z.B. dem Nationalen Genomforschungsnetz oder zahlreichen EU-Projekten.