Der Fakultätsrat ist zuständig in allen Angelegenheiten der Fakultät, für die nicht die Zuständigkeit der Dekanin oder des Dekans oder eines anderen Organs der Fakultät bestimmt ist. Der Fakultätsrat soll seine Beratungen auf Angelegenheiten von grundsätzlicher Bedeutung beschränken und, soweit dies die Art der Angelegenheit zulässt, diese der Dekanin oder dem Dekan allgemein oder im Einzelfall zur Erledigung zuweisen.
 

Der Fakultätsvorstand ist für alle Angelegenheiten der Fakultät zuständig, für die nicht nach der Grundordnung der Technischen Universität München oder aufgrund anderer Rechtsvorschriften eine anderweitige Zuständigkeit begründet ist. Er entscheidet über die Verteilung der Fakultätsmittel für die medizinischen Institute der Technischen Universität München, soweit sie nicht einer wissenschaftlichen Einrichtung, Betriebseinheit oder Professur der Fakultät zugewiesen sind. Der Vorstand stellt Grundsätze für die Verteilung und Verwendung der Mittel für Forschung und Lehre auf. Ferner trifft er Vereinbarungen für die Zusammenarbeit mit dem Klinikum rechts der Isar und erstellt einen Entwicklungsplan für die Fakultät unter Einbeziehung der Leitung der wissenschaftlichen Einrichtungen und Betriebseinheiten sowie der Professoren und Professorinnen der Fakultät.